Está situado en el barrio de San Lorenzo, de propiedad del Ayuntamiento, en 1289 se construye este Palacio por el Rey D. Sancho IV, para el Infante Don Fadrique, hijo del Rey Fernando III y hermano de Alfonso X el Sabio, como palacio queda pocos restos, convirtiéndose más tarde en convento, siendo donado a las monjas clarisas, el edificio de planta cuadrada, es de estilo arquitéctonico románico al gótico, las monjas conservarían los jardines y la Torre del palacio,  el Museo Arqueológico  Municipal estuvo situado en su interior, actualmente se puede observar en la planta baja de la Torre las dependencias que correspondían en lo que fue su día el Museo, José Gestoso fuel el creador del Museo,  en 1892 el Ayuntamiento compra la colección de epigrafía, cerámica que en su día perteneció a Francisco Mateos Gago.

El museo se instala en primer lugar en dos salones del hoy actual Ayuntamiendo de la Plaza de la Nueva, en 1918 algunos particulares compraron la finca del Convento de Santa Clara, anteriormente habia sido los jardines del palacio de Don Fadrique, unos  mil metros cuadrados de terreno comprados por  el Ayuntamiento fue destinado para Museo, se contruyó  un alberca delante de la  Torre quedando establecido  el Museo en 1920.

Terminada la Guerra Civil en 1941 desaparece como Museo, aunque algunas piezas nos queda en este Museo como la lápida que Juan de Córdoba  Centurión  poseía en los jardines de su casa en Lora de Estepa, era un jardín arqueológico y museo de esculturas, fragmentos arquitéctonicos, para todos aquellos amantes de la arqueología esta visita al  museo es de lo más gratificante.

Podemos acceder al recinto del Museo a través de la entrada del Convento de Santa Clara, en ella observamos la portada gótica de principio del siglo XVI, que anteriormente habia pertenecido al antigüo colegio de  Maese Rodrigo siendo este la primera Universidad que se instaló en la ciudad hispalense, ubicada en la Puerta de Jerez.

Ya en el interior accedemos al patio, aquí destacamos la alberca y la Torre, en las paredes se ven lápidas ya nombradas, así mismo podemos contemplar fragmentos arquitectónicos como los de la fachada plateresca del Ayuntamiento, admiremos también una escultura de Rey Fernando VII que pertenecieron a los duques de Montpensier en su Palacio de San Telmo, en el patio reina la paz, el silencio, y el verdor de sus plantas, es un lugar único del antiguo Museo desde donde se divisa la Torre de Don Fadrique de tres pisos de altura, rematadas por almenas, siendo el primer piso de piedra y los otros dos de ladrillos